Τα ζευγάρια που προέκυψαν μετά την Κλήρωση που διεξήχθη στα Γραφεία της Ένωσης, για την Β’ Φάση Κυπέλλου Ε.Π.Σ.Πρέβεζας-Λευκάδας έχουν ως εξής:
| Β’ ΦΑΣΗ | |
| ΓΗΠΕΔΟΥΧΟΣ | ΦΙΛΟΞΕΝΟΥΜΕΝΟΣ |
| ΠΑΣ ΠΡΕΒΕΖΑ 2016 | ΠΑΣ ΘΥΕΛΛΑ 2015 |
| ΘΡΙΑΜΒΟΣ ΛΟΥΡΟΥ | ΑΟΝ ΤΗΛΥΚΡΑΤΗΣ 2016 |
| Π.Σ. ΕΝΩΣΗ ΠΑΡΓΑΣ | ΑΧΕΡΩΝ ΚΑΝΑΛΑΚΙΟΥ |
| Α.Ο. ΑΣΤΕΡΑΣ ΑΝΘΟΥΣΑΣ | ΠΑΝΛΕΥΚΑΔΙΟΣ |
| ΕΡΜΗΣ ΚΑΝΑΛΙΟΥ | ΚΕΡΑΥΝΟΣ ΘΕΣΠΡΩΤΙΚΟΥ |
| ΠΕΑΣ ΚΑΤΟΥΝΑΣ | ΑΟ ΜΥΤΙΚΑ |
| ΑΠΟΛΛΩΝ ΠΑΡΓΑΣ | ΔΟΞΑ ΩΡΩΠΟΥ |
| ΠΑΣ ΠΑΛΙΑΜΠΕΛΑ | Α.Ο. ΚΑΡΥΑΣ |
